Le territoire de l'agglomération présente une grande diversité de milieux naturels (bois, falaise, zones humides, zone estuarienne, valleuse, rivières, landes humides, coteaux calcaires...).
Plusieurs dispositifs de protection sont en place pour préserver leur richesse écologique mais les aménagements humains restent une menace pour ces milieux (ex : la régression des zones humides par remblaiements ou mise en culture). Souvent méconnus du grand public et des élus, ils tendent à se réduire en nombre et en espace, ce qui exerce une forte pression sur le plan de la biodiversité.Le Conservatoire des sites naturels de Haute-Normandie (CSNHN) et le Conservatoire du Littoral jouent un rôle déterminant dans la gestion des sites naturels remarquables sur le territoire.