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Histoire naturelle des mammifères
Paul Gervais, 1855
En complément : Rôles et méthodes des classifications
 
Autour des XVIe et XVIIe siècles, les naturalistes se sont passionnés pour la science de la classification. L’idée était de regrouper toutes les espèces du monde vivant dans des ensembles que nous appelons aujourd’hui « taxons » ou « groupes ».
 
> > Ce regroupement des espèces se fait en deux étapes : 
> Déterminer les espèces à regrouper.
Pour cela, on se base sur les caractères morphologiques ou physiques et l’interfécondité des individus.
> Regrouper ces différentes espèces.
Ces regroupements sont classés de façon hiérarchisée pour arriver jusqu’à l’espèce. Les espèces sont regroupées en genres, le regroupement de plusieurs genres constitue une famille et le regroupement de plusieurs familles forme un ordre dans lequel les différentes espèces, malgré leurs dissemblances, ont des caractères communs.
Plusieurs ordres forment un embranchement et plusieurs embranchements forment un phylum. Entre les membres du même genre, le degré de parenté est élevé, mais il l’est moins qu’entre les individus d’une même espèce. La parenté s’exprime souvent par des ressemblances morphologiques, mais ces ressemblances peuvent être trompeuses, car l’adaptation aux mêmes conditions de vie peut favoriser l’apparition de ressemblances entre groupes pouvant être éloignés (concept de convergence écologique). D’où la subtilité et la difficulté de cette science.
 
Cette classification hiérarchique est nommée la systématique. La taxinomie (ou taxonomie) est une science ayant pour but de donner un nom propre à chacun des groupes, ou taxons, déterminés par la systématique.
 
L’image que les naturalistes ont eu du monde vivant au cours des siècles a déterminé la mise en place de différentes méthodes de classifications. Avec l’introduction de l’idée d’évolution, les véritables classifications apparurent, prenant en compte les affinités phylogénétiques (c’est-à-dire évolutives) des organismes.

> > Plusieurs méthodes « s’affrontent » pour classer le vivant :

> La classification phylogénétique
Cette méthode tente de reconstituer les histoires évolutives à partir des seules formes vivantes actuellement ou avec l’appui des fossiles. Les caractères primitifs ou évolués sont tous pris en compte et les ancêtres sont recherchés parmi les fossiles pour élaborer un arbre phylogénétique. D’une espèce ancestrale se détachent des espèces filles qui engendrent, par le fait de divergences et de ramifications, des groupements (taxons) qui sont la représentation de l’évolution.
> La phénétique (ou taxinomie numérique) :
Cette méthode cherche à éliminer toute subjectivité. Sur les espèces à classer, la phénétique retient le plus grand nombre de caractères possibles, tous considérés comme d’égale importance : quantitatifs et qualitatifs. Les données chiffrées sont ensuite groupées en tableaux à partir desquels sont calculés des « distances phénétiques ».
> La cladisme
Cette méthode fait une distinction entre les caractères ancestraux et les caractères évolués qui seuls permettent d’opérer des groupements. Sur ces bases sont constitués des groupes monophylétiques incorporant l’ancêtre porteur du caractère ancestral et tous ses descendants. L’évolution procède par dichotomies successives, et la finalité de l’analyse est la recherche des plus proches ancêtres communs, sans identification de ces ancêtres.
 
Avec l’idée d’évolution, la classification est passée de la simple opération de rangement à la tentative de représentation de l’histoire évolutive du monde vivant.