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De l’origine des espèces ou des lois du progrès chez les êtres organisés
Charles Darwin, 1862
L'œuvre : De l’origine des espèces ou des lois du progrès chez les êtres organisés
Séparation latin, français Darwin n’avait pas l’intention de publier ses travaux d’autant plus que la réaction unanime de ses pairs, face à ce type d’ouvrage (Vestiges of the natural history of creation dont l’auteur a gardé l’anonymat), l’incite plutôt à garder le silence. C’est lorsque, du bout du monde, le collectionneur Alfred Russel Wallace lui envoie ses recherches avec des conclusions similaires aux siennes, qu’il décide d’expliquer sa position dans un livre. Il aurait voulu réaliser un ouvrage de grand ampleur – au moins dix tomes – mais l’apparition d’un concurrent sérieux l’oblige à être plus synthétique. Finalement L’origine des espèces est publié le 24 novembre 1859, après une année de travail et vingt ans de réflexions.
< Page de titre.
Le titre choisi, en accord avec son éditeur Murray est : On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life ("Sur l’origine des espèces aux moyen de la sélection naturelle ou la préservation des races favorisées dans la lutte pour la vie"). Le premier tirage, de 1 250 exemplaires, est épuisé en 24h. La deuxième édition paraît dès 1860, et la troisième en 1861, complétée au début du texte par une notice historique sur les progrès de l’opinion relative à l’origine des espèces. Dans ces éditions, comme dans la quatrième en 1866, il n’apporte aucune modification substantielle. La cinquième édition en 1869 comporte, en revanche, des révisions importantes, tout comme la sixième et dernière en 1872, où Darwin ajoute un chapitre entier sur les "Objections diverses faites à la théorie de la sélection naturelle". L’ouvrage mis en dépôt à l’AREHN par le Muséum d’histoire naturelle de Rouen correspond à la 3ème édition, traduite en français par Clémence-Auguste Royer. Séparation latin, français
Couverture et dos de l'ouvrage
Quatorze chapitres divise l’ouvrage, dont la plupart sont munis d’un résumé à la fin de celui-ci.
 
Chapitre I : Variations des espèces à l’état domestique
Chapitre II : Variations des espèces à l’état de nature
Chapitre III : Concurrence vitale
Chapitre IV : Election naturelle
Chapitre V : Lois de la variabilité
Chapitre VI : Difficultés de la théorie
Chapitre VII : Instinct
Chapitre VIII : Hybridité
Chapitre IX : Insuffisance des documents géologiques
Chapitre X : De la succession géologique des êtres organisés
Chapitre XI : Distribution géographique
Chapitre XII : Distribution géographique (suite)
Chapitre XIII : Classification – Morphologie – Embryologie – Organes rudimentaires
Chapitre XIV : Récapitulation et conclusion
Index
Additions et corrections par rapport aux éditions précédentes
Corrections du traducteur
Table de note du traducteur
Errata
Pour convaincre de l’évolution des espèces, Darwin réalise "un long et unique argument". Le terme évolution n’existait pas encore dans le sens ou nous l’entendons aujourd’hui. Darwin parle de transmutation et plus tard de transformation. L’ouvrage est étonnamment achevé, bourré de détails sur des organismes très variés.
 
Tour à tour, il explique sa démarche en s’appuyant sur plusieurs principes  :
 
  • Il existe au sein des espèces une variabilité considérable, fondée sur les différences individuelles. Pour cela il utilise un procédé très judicieux : il s’appuie sur l’élevage des animaux domestiques, mieux connue, pour introduire – dans un deuxième chapitre – les dissemblances au sein de chaque espèce naturelle. L’existence de la diversité est essentielle à la théorie de Darwin. Par contre, il ne fait pas mention de la manière dont ces modifications se produisent. 
  • Darwin constate que chaque génération tend à se multiplier, ce qui devrait engendrer une surabondance d’êtres vivants. Cependant, comme l’espace et la nourriture restent limités, il faut qu’en permanence, certains individus meurent pour que les autres survivent. En fait, il reprend l’idée de lutte pour l’existence de Malthus. Si les populations n’augmentent pas de manière incontrôlée, c’est qu’il existe des freins : la famine, la prédation et la maladie. Ces pressions ne permettent qu’à quelques-uns de survivre. Les espèces sont alors en concurrence, entraînant la survie d’un petit nombre.
Malthus, démographe (1766-1834) prédit que la population augmente de façon exponentielle ou géométrique tandis que les ressources croissent de façon arithmétique. Il en conclut à l'inévitabilité de catastrophes démographiques, à moins d'empêcher la population de croître.
  • Ceux qui survivent sont différents : plus rapides, plus forts, plus grands ou plus petits ou peut-être simplement plus débrouillards – en un mot plus aptes – que ceux qui meurent : c’est la sélection naturelle. Il explique que la "sélection naturelle" est le "principe en vertu duquel une variation si insignifiante qu’elle soit se conserve et se perpétue, si elle est utile". Les organismes ne deviennent pas nécessairement plus complexes ou plus intelligents, sauf si leurs caractéristiques contribuent à la survie et à la reproduction. Ainsi, les plus aptes survivent au détriment de ceux handicapés par des variations néfastes. Il lui est impossible d’expliquer ce principe, la science de la génétique n’étant pas encore née. 
  • Les organismes sélectionnés transmettent leurs avantages à leur descendance, faisant de la nouvelle génération une génération mieux adaptée. La répétition sur des millions de générations finit par créer de nouvelles espèces.

Il va encore plus loin en affirmant que toutes les espèces avaient une origine commune en s’appuyant sur les espèces qu’il avait découverte tout au long de son voyage. Par contre, il ne s’aventure pas sur la filiation de l’homme. Il sait qu’il ne fait pas trop en dire, en tout cas pas tout de suite. C’est dans La lignée humaine (1871), qu’il place l’homme au niveau de l’animal et, pis, le fait descendre du singe.
 
Dès sa parution, l’ouvrage soulève un tollé chez les hommes d’Eglise et certains scientifiques qui ne démordent pas de la version biblique de la création du monde. Mais, très vite, les esprits s’apaisent et L’origine des espèces entraîne une effervescence dans les milieux scientifiques car, pour la première fois, la théorie de l’évolution qui, depuis Lamarck, continuait à avoir de nombreux détracteurs, était expliquée de façon plausible.
Par contre, la théorie de la sélection naturelle est très critiquée. Darwin, en effet, n'arrive pas à préciser comment les caractères sélectionnés sont conservés et transmis à la génération suivante. Malgré cette faiblesse, le travail de Darwin est reconnu officiellement : il reçoit la médaille de Copley, la plus haute distinction.
Il se refuse à donner une définition du mot espèce. "Je ne discuterais pas non plus ici les différentes définitions que l’on a données du terme espèce. Aucune de ces définitions n’a complètement satisfait tous les naturalistes, et cependant, chacun d’eux sait vaguement ce qu’il veut dire quand il parle d’espèce. Ordinairement le terme espèce implique l’élément inconnu d’un acte créateur distinct. Il est presque aussi difficile de définir le terme variété ; toutefois, ce terme implique presque toujours une communauté de descendance, bien qu’on puisse rarement en fournir les preuves". Le refus de Darwin de définir le concept central d’espèce a constamment soulevé des problèmes d’interprétation.

Pour Darwin, le rapport entre "espèce" et "individu" est inversé. Ce sont les individus qui, sous l’effet de la sélection naturelle, se modifient et entraînent la modification de l’espèce et non pas l’inverse.

La paléontologie n’a pas fourni à Darwin d’argument décisif pour établir sa théorie. Toutefois, à la différence de Lamarck, il écrit un chapitre pour déplorer l’ "insuffisance des archives géologiques" et en consacra un autre à l’examen de la "succession géologique des êtres organisés"